亲水作用色谱法测定组织中全基因组DNA甲基化水平

色谱 , 2011, 29(4): 342-345. doi: 10.3724/SP.J.1123.2011.00342

亲水作用色谱法测定组织中全基因组DNA甲基化水平

张良滔 ^1, , 张立坚 ^2, , 张俊杰 ^3, , 刘春安 ^4, , 蔡春 ^5,

1.广东医学院,广东湛江,524023

2.广东医学院,广东湛江,524023

3.广东医学院,广东湛江,524023

4.广东医学院,广东湛江,524023

5.广东医学院,广东湛江,524023

基金项目: 广东医学院博士基金

关键词：亲水作用色谱 , 全基因组DNA甲基化 , 组织 , 结肠癌

Determination of global DNA methylation in tissues by hydrophilic interaction liquid chromatography

建立了亲水作用色谱(HILIC)测定组织中全基因组DNA甲基化水平的方法.采用苯酚-氯仿提取组织中的DNA,提取的DNA用88%甲酸在140℃下裂解,经N2吹干后,加乙腈-水(9:1,v/v)溶解,用Waters BEH HILIC柱进行分离,在277 nn波长下检测胞嘧啶(Cyt)及5-甲基胞嘧啶(5-mCyt)含量.结果表明,以乙腈-10 mmol/L甲酸铵溶液(94:6,v/v)为流动相,流速为0.5 mL/min,Cyt与5-mCyt分离较好,保留时间分别为2.6与3.1min.胞嘧啶的线性范围为1～900 μmol/L,相关系数为0.999 9;5-甲基胞嘧啶的线性范围为1～64 μmol/L,相关系数为0.999 8.胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的检出限为54 nmol/L(柱中为0.54 pmol),定量限为250 nmol/L(柱中为2.5 pmol);在5～900 μmol/L的添加水平下,胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的平均加标回收率为94.7%～100.5%,相对标准偏差小于1.48%.用该方法检测了结肠癌组织中DNA甲基化水平,结果显示该癌组织中全基因组的DNA甲基化均值为4.0%.该方法快速、简单,稳定性好,灵敏度较高,能满足全基因组DNA甲基化的检测要求.

参考文献

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