王继峰
,
赵新元
,
赵焱
,
马成
,
钟儒刚
,
钱小红
,
应万涛
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.04041
蛋白质的还原-烷基化是蛋白质酶切中的重要步骤,常用的烷基化试剂是碘乙酰胺(IAA),但是IAA除了和半胱氨酸发生反应,也可能和其他多种氨基酸发生副反应.我们模拟常规的酶切条件,系统地研究了蛋白质真实酶切时所有酶切肽段发生烷基化的情况.结果表明,多种氨基酸可以发生烷基化,其趋势为:半胱氨酸＞肽段N端氨基酸＞天冬氨酸＞谷氨酸＞组氨酸＞天冬酰胺＞赖氨酸＞酪氨酸,同时也发现同一肽段上的氨基酸烷基化具有排他性和聚集性.根据定性结果,采用质谱多反应监测(MRM)技术对多个肽段进行了定量分析,评估了过烷基化对蛋白质定量分析的影响.该研究结果表明,过量的烷基化修饰对蛋白质的定性与定量分析都可能产生较大影响.在蛋白质组学研究的样本处理流程中,应避免样本的过烷基化.
关键词:
液相色谱
,
质谱
,
多反应监测
,
蛋白质组学
,
烷基化
,
碘乙酰胺
李贤煜
,
赵新元
,
应万涛
,
钱小红
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2013.02010
分泌蛋白质组(secretome)是指在特定的时空条件下,细胞、组织等分泌的全部蛋白质.分泌蛋白质组可能包含了大量的疾病诊断生物标志物,因此其相关研究越来越受到重视.分泌蛋白质组的组成高度复杂且浓度范围宽,这对分析方法提出了挑战.建立有效的蛋白质或肽段预分离策略,将有利于分泌蛋白质的高覆盖率鉴定.本研究以肝癌细胞系MHCC97L的无血清培养分泌蛋白质为研究对象,采用一种新型等电聚焦预分离(OFFGEL)系统,考察了肽段水平的分级对蛋白质鉴定结果的影响.结果表明,分离后各馏分中肽段的等电点分布与理论预测基本一致,每个馏分中单独鉴定的肽段比例接近80％,显示了该系统对肽段的高分辨分离能力结合生物质谱技术,在肝癌细胞分泌系统中鉴定了 2995个蛋门质,显示了该系统在复杂体系蛋白质组研究中的应用潜力.
关键词:
等电聚焦
,
预分离
,
分泌蛋白质组
,
分级
,
鉴定
,
肝癌细胞
