卢果
,
汪江山
,
赵欣捷
,
孔宏伟
,
许国旺
色谱
doi:10.3321/j.issn:1000-8713.2006.02.001
尿中的代谢产物可以反映生命个体的生理状态.为了考察在非严格控制条件下(即对志愿者的饮食、生活方式以及样品采集时间等诸多条件不加以控制)基于尿中代谢物的指纹图谱对男女性别进行区分的可行性,采用超高效液相色谱/飞行时间质谱(UPLC/TOF-MS)联用技术分析了31个随机尿样,并用主成分分析法(PCA)和偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)两种数据处理方法对数据进行处理,与PCA法比较,PLS-DA法能提高分类效果,并筛选出4种可能的与性别相关的生物标记物.研究结果表明,UPLC/MS联用技术通量高,数据量丰富;模式识别数据处理方法适合于从大量数据中提取信息,两者的结合有利于代谢组学的研究.
关键词:
代谢组学
,
超高效液相色谱
,
质谱
,
尿液
,
性别差异
,
偏最小二乘法判别分析
余欣尉
,
吴谦
,
吕望
,
王彦
,
马小琼
,
陈喆
,
阎超
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2012.12039
通过高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(HPLC-Q-TOF/MS)分别对肺癌细胞与正常细胞的极性与非极性代谢物进行指纹图谱分析,进一步应用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对代谢组学数据进行多维统计分析.研究结果显示,与正常细胞相比,肿瘤细胞存在异常的蛋白质、脂肪酸、磷脂代谢,并发现31种对分类有显著贡献的代谢小分子物质.通过本研究,建立了基于液相色谱-质谱联用技术的肺癌细胞代谢组学分析方法,发现了肺癌潜在疾病标记物,可为肺癌分子标记物的发现及其早期诊断提供新思路和新方法.
关键词:
高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱
,
偏最小二乘判别分析
,
代谢组学
,
肺癌
何林静
,
邓伏雪
,
胡云凤
,
朱卫文
,
伍家燕
,
常静
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2016.01006
为了多层面探讨共培养微环境诱导法定向诱导骨髓间充质干细胞（ MSCs）心肌样分化的可行性，取第3代MSCs与原代心肌细胞（ CMs）进行共培养。在显微镜下观察诱导1周后的 MSCs 形态学变化，用免疫荧光和实时荧光定量聚合酶链式反应（ RT-PCR）分别检测诱导的 MSCs 中心肌肌钙蛋白 I（ cTnI）、α-肌动蛋白（α-actin）、Nkx-2.5和 GATA-4的基因表达变化情况。采用超高效液相色谱-串联质谱（ UPLC-MS／MS）分别检测诱导组和对照组的代谢产物。诱导1周后的 MSCs形态呈心肌样改变，cTnI、α-actin、Nkx-2.5和 GATA-4的基因表达均明显升高，正交偏最小二乘法判别分析（ OPLS-DA）模型显示诱导的 MSCs 代谢物向 CMs 转变趋势明显。通过多元和单元统计分析筛选差异变量，根据一级质谱和二级质谱比对结果，最终确定12种差异代谢物。与未经诱导的MSCs 相比，经诱导的MSCs与CMs中变化趋势相同的差异代谢物有7种，变化趋势不同的差异代谢物有5种。实验结果表明，无论从形态、基因、蛋白质还是代谢层面看，MSCs 通过与 CMs 间接接触共培养后均发生了心肌样改变，但是与 CMs仍存在差异。
关键词:
共培养微环境
,
代谢组学
,
心肌样分化
,
骨髓间充质干细胞
,
心肌细胞
麦旦提
,
杨婵
,
薛芸
,
王彦
,
阎超
色谱
doi:10.3724/SP.J.1123.2017.01026
以脂多糖类似物(KLA)诱导的RAW264.7细胞为研究对象,采用代谢组学研究手段,研究水飞蓟素对脂多糖诱导炎症模型中花生四烯酸代谢通路的影响.以超高效液相色谱-三重四极杆质谱联用为平台,对不同浓度水飞蓟素作用下KLA诱导RAW264.7炎症细胞分泌的类二十烷酸代谢物进行定量分析,通过考察主成分分析(PCA)、正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)的VIP值和Kruskal-Wallis秩和检验结果显著性差异(P)值筛选代谢标记物.建立了59种类二十烷酸(含15种同位素内标)在5 min内实现快速分离的液相色谱-质谱联用方法;确定了细胞存活率在58%~80%的水飞蓟素浓度为50~150 μmol/L;筛选出数据处理结果同时满足变异权重参数(VIP)值>1且结果P值<0.05的类二十烷酸代谢标记物12-OxoLeukotriene B4(12-OxoLTB4);通过分析柱状图和炎症信号通路,确定水飞蓟素借助其抗氧自由基特性发挥抗炎作用,通过抑制脂氧合酶-5 (5-LOX)的活性及阻断5-LOX代谢通路中产生氧自由基的脂质过氧化反应来减少氧自由基及过氧化物的形成.综上所述,所建立的方法能快速准确地定量分析多种类二十烷酸,并从代谢组学角度解释了水飞蓟素的抗炎机制.
关键词:
超高效液相色谱-串联质谱
,
类二十烷酸
,
同位素内标
,
水飞蓟素
,
代谢组学
,
炎症
